依托自然保护地开展就地保护。全面落实文山州建立以国家公园为主体的自然保护地体系实施方案，依托现有的自然保护地，通过区域划定、严格管理、监测调查等措施，保护和扩大珍稀濒危野生动植物物种及其栖息地、原生地，构筑以自然保护区为基础、其他保护地为补充的保护网络。

实行差异化近地保护。在自然保护区设置样地监测生境、加强巡护、严格种子采集，在集体林建立保护小区，对不同保护区域的植物原生地实行差异化近地保护。截至目前，已建立蒜头果种质资源保护、水松和喙核桃原生境保护、西畴青冈和德保苏铁人工扩繁及野外回归试验5个保护小区。

建设专类园开展迁地保护。在西畴县香坪山建设木兰科迁地保育园350亩，定植热带、亚热带木兰科及珍稀濒危树种30科147种，成为东南亚面积最大、种群数第二的珍稀濒危树木迁地保育种质基因库。同时，实施滇东南极小种群野生植物专类园项目并与树木园同步规划建设，项目规划总面积3412.2亩，全面开展极小种群野生植物回归和迁地保护。

目前，文山州已完成蒜头果、喙核桃、水松、西畴青冈、德保苏铁等12个急需保护物种保护项目建设，培育苗木6万余株，完成云南金花茶回归、迁地保护60株，分别完成蒜头果、水松、伯乐树、德保苏铁迁地保护3150株、30株、60株、15株，全州90%以上的濒危植物得到保护。